Die Finanzämter prüfen in der Regel alle drei Jahre, ob Vereine und Organisationen, die gemeinnützigen, mildtätigen oder kirchlichen Zwecken dienen, in der zurückliegenden Zeit mit ihren Tätigkeiten die Voraussetzungen für die Befreiung von der Körperschaft- und Gewerbesteuer erfüllt haben. Zu diesem Zweck müssen die Vereine bei ihrem zuständigen Finanzamt eine Steuererklärung (Vordruck Gem 1, bei Sportvereinen zusätzlich Gem 1A) abgeben und Kopien ihrer Kassenberichte und Tätigkeits- bzw. Geschäftsberichte beifügen. In der Regel schickt das Finanzamt eine schriftliche Aufforderung zur Abgabe der genannten Unterlagen erhalten. Falls wie bei anderen Steuerpflichtigen keine Steuererklärungs-Formulare mitgeschickt werden, können die benötigten Vordrucke können im Internet von dem „Formularcenter“ des Bundesministerium der Finanzen unter www.formulare-bfinv.de (Formularcenter > Steuern > Formulare A – Z > Gemeinnützigkeit) als ausfüllbare pdf-Datei heruntergeladen und ausgedruckt werden. Die Erklärungen können auch elektronisch über das ElsterOnline-Portal (www.elsteronline.de) übermittelt werden – derzeit nur in Verbindung mit einer Körperschaftsteuererklärung (Vordruck KSt 1 A bzw. KSt 1 B) möglich. Wenn die Vereine bzw. ihre Vorstände über keinen Internetzugang verfügen, können die Vordrucke ausnahmsweise bei dem zuständigen Finanzamt abgeholt werden.

Wenn die gemeinnützige Organisation Umsatzsteuer bezahlen muss, ist der Vordruck Gem 1 zusammen mit der Umsatzsteuererklärung jährlich abzugeben und nicht im Drei-Jahres-Rhythmus. In diesem Fall sind auch jährlich die Gegenüberstellung von Einnahmen und Ausgaben, eine Vermögensaufstellung sowie ein Tätigkeitsbericht einzureichen.

Falls auch ein wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb geführt wird, sind Erklärungen zur Körperschaftsteuer und zur Gewerbesteuer abzugeben, wenn die Umsätze in allen steuerpflichtigen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieben 35.000 Euro übersteigen. Auch diese Erklärungen sind jährlich abzugeben, zusammen mit dem Tätigkeitsbericht, dem Jahresabschluss und dem Vordruck Gem 1.